L’ENAJM est administrée par un organe délibérant, dénommé « Conseil d’Administration », régi par les dispositions du décret n° 90-118 du 19 août 1990 fixant la composition, l’organisation et le fonctionnement des organes délibérants des établissements publics, modifié.

Le Conseil d’Administration, organe délibérant de l’ENAJM, comprend :

- Un Président ;

- Un représentant du Premier ministère ;

- Un représentant du Ministère de la Justice ;

- Un représentant du Ministère des Affaires étrangères et de la Coopération ;

- Un représentant du Ministère de l’Intérieur ;

- Un représentant du Ministère des Finances ;

- Un représentant du Ministère chargé de l’Economie ; 

- Un représentant du Ministère chargé de l’Enseignement supérieur ;

- Un représentant du ministère chargé de la Communication ;

- Un représentant du Ministère chargé du Travail ;

- Un représentant du Ministère chargé de la Fonction Publique ;

- Un représentant du personnel enseignant de l’Ecole ;

- Un représentant des élèves de l’Ecole ;

- Un représentant des anciens élèves de l’Ecole.

Le conseil d’administration peut inviter à ses réunions toute personne dont il juge l’avis, les compétences ou la qualité utiles à la discussion des points inscrits à l’ordre du jour.

Le Président et les membres du conseil d’administration sont nommés par décret en conseil des ministres pour un mandat de trois ans, renouvelable. Toutefois, lorsqu’un membre du conseil perd, en cours de mandat, la qualité en vertu de laquelle il a été nommé, il est procédé à son remplacement dans les mêmes formes, pour la durée du mandat restant à courir.

Au titre de leurs fonctions, le Président et les membres du Conseil perçoivent des indemnités ou avantages conformément à la réglementation en vigueur.